2月9日，美国国防部长皮特·赫格塞斯宣布将切断与哈佛大学的学术联系，理由是在该校就读已不再满足国防部或军队的需求。
此前，特朗普曾在社交媒体上表示，希望向哈佛大学寻求10亿美元的赔偿，并在未来与其断绝一切关系。2025年4月，特朗普政府以哈佛大学未充分解决校园反犹太主义问题为由，削减其超过20亿美元的联邦资助。7月21日，哈佛大学诉特朗普政府非法冻结联邦资金案在波士顿联邦地区法院举行关键听证会。
同年4月，特朗普政府宣布冻结对哈佛大学总额22亿美元的多年期拨款以及6000万美元的多年期合同款项。数月以来，双方一直在就恢复研究经费进行谈判。哈佛大学因被冻结经费一事向联邦法院提起诉讼，请求法官在9月3日前对诉讼作出裁决。
特朗普曾质疑为何由一名“憎恨特朗普”的法官审理这些案件，并表示只要这名法官作出不利裁决，联邦政府将立即上诉，并停止向哈佛大学提供数十亿美元资金。2025年9月3日，波士顿联邦地区法官艾莉森·伯勒斯裁定特朗普政府冻结哈佛大学超过20亿美元联邦资助的行为系非法。该法官指出，特朗普政府暂停哈佛大学一系列研究经费时没有遵循正当程序，且侵犯了哈佛大学的言论自由权。
美国白宫发言人利兹·休斯顿回应称，哈佛大学未能保护学生免受侵扰，并允许歧视在校园肆虐多年，没有宪法赋予的获得纳税人资金的权利，并且未来仍然没有资格获得资助。美国政府将对此裁决提出上诉。
